More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0403 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  99.1 
 
 
334 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  98.8 
 
 
334 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  100 
 
 
334 aa  690    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  99.1 
 
 
334 aa  684    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
334 aa  690    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  64.04 
 
 
324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  56.15 
 
 
345 aa  345  4e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  53.85 
 
 
331 aa  323  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
317 aa  162  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
320 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  36.02 
 
 
312 aa  146  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
333 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
323 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 
377 aa  92.8  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  30.32 
 
 
329 aa  93.2  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 
330 aa  86.7  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  34.09 
 
 
312 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
332 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  31.66 
 
 
337 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 
337 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  30.16 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 
329 aa  73.9  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  27.18 
 
 
305 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 
335 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  29.76 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  38.05 
 
 
259 aa  70.5  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
399 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 
329 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 
312 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.5 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 
338 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  24.91 
 
 
322 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 
314 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 
357 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 
384 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.76 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 
350 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
259 aa  64.3  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
259 aa  63.9  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 
388 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 
315 aa  63.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 
327 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
328 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1419  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 
330 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00505932  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
347 aa  63.5  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2466  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 
306 aa  63.2  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 
296 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 
361 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  36.11 
 
 
261 aa  63.2  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 
277 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 
277 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 
382 aa  62.8  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 
332 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 
313 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  36.89 
 
 
323 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 
316 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 
369 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
319 aa  62  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 
369 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 
369 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 
329 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  28.97 
 
 
302 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  29.86 
 
 
299 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  33.64 
 
 
323 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 
306 aa  60.8  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 
313 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
352 aa  60.8  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1911  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 
369 aa  60.8  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 
313 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 
773 aa  60.5  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 
313 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
279 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  33.64 
 
 
351 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.77 
 
 
158 aa  60.5  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0073  methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase  33.63 
 
 
370 aa  60.5  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.332554  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 
252 aa  60.1  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  35.9 
 
 
296 aa  60.1  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 
339 aa  59.7  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 
362 aa  60.1  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 
351 aa  59.7  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 
677 aa  60.1  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 
332 aa  60.1  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
337 aa  60.1  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 
313 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.28 
 
 
343 aa  59.7  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0411  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 
348 aa  59.7  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 
323 aa  59.3  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>