More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1776 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  649    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 333 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 317 aa  96.3  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 320 aa  95.9  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  30 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 312 aa  90.9  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  29.48 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.45 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 361 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.63 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.41 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 259 aa  70.5  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 398 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 326 aa  69.7  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  40.96 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 329 aa  67  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  21 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1945  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  18.62 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  24.54 
 
 		 368 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  22.79 
 
 		 343 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  22.96 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 328 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  32.3 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  25.5 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 329 aa  61.2  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  19.53 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  20 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 325 aa  60.1  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 350 aa  59.7  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.86 
 
 		 334 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2618  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  35.35 
 
 		 141 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  28.26 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>