More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2606 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 312 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  30.53 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 313 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 313 aa  92.8  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  33.7 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  33.15 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 313 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  32.12 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 324 aa  87  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  35.8 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  35.8 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 310 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  33.9 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  35.8 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  35.07 
 
 		 345 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 388 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 427 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 		 384 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  25.62 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.99 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  30.32 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 368 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 357 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 332 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  23.15 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  41.05 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  24.26 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 377 aa  68.9  0.00000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 326 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 377 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  23.78 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.47 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 362 aa  66.2  0.0000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 318 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  37.76 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  30.83 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  31.13 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 330 aa  65.1  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>