More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2168 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 325 aa  675    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 		 335 aa  95.9  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  25.94 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  36.15 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  19.78 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  23.91 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  30.77 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  19.81 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  21.6 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.68 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  27.94 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3450  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 492 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4071  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 492 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  26.28 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 350 aa  62.8  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2719  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  27.52 
 
 		 494 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  24.38 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 333 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 377 aa  62  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  28.47 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  27.01 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1490  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.107689  normal  0.0449823 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  30.95 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  23.56 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 326 aa  60.1  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  24.2 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  20 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  34.92 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  21.03 
 
 		 399 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5912  transcriptional regulator Ada / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-O6-methylguanine--protein-cysteine S-methyltransferase  29.57 
 
 		 500 aa  59.3  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.838028 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5167  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 493 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2773  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  25.55 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  39.13 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  25.55 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  25.55 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  29.37 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  22.26 
 
 		 302 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  20.63 
 
 		 398 aa  57  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  25.12 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3399  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 491 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  24.66 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 281 aa  57  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  38.27 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.79 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>