More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003334 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  100 
 
 		 286 aa  593  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  82.87 
 
 		 286 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  42.76 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  42.25 
 
 		 271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 286 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 282 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3914  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 235 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3827  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 235 aa  89.4  6e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3940  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 235 aa  89.4  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.423213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 232 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  34.11 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 272 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  22.04 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 271 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 269 aa  73.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 290 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 270 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  22.49 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  31.85 
 
 		 369 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3631  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.34 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.87 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 286 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  25.34 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  35.05 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  36.56 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 285 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.39 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  29.41 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 278 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 154 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 261 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  29.41 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  33.65 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  29.41 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  31.25 
 
 		 278 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>