More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3914 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3940  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  485  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.423213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3914  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3827  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1958  helix-turn-helix domain-containing protein  40.85 
 
 		 232 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2262  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 232 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  34.53 
 
 		 286 aa  89.7  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  39 
 
 		 286 aa  87.8  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  37.89 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  38.04 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 334 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  32.65 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 334 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  41.03 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2497  alcohol dehydrogenase  39.02 
 
 		 563 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0116  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.615337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2820  alcohol dehydrogenase  37.8 
 
 		 565 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2800  alcohol dehydrogenase  37.8 
 
 		 565 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1557  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 565 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.486878  hitchhiker  0.00513105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2940  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 565 aa  62.4  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.91789  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.63 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 340 aa  62  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 336 aa  62  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 339 aa  62  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3312  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 318 aa  62  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1795  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  62  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3514  transcriptional regulator  38.3 
 
 		 334 aa  62  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505982  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1557  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 349 aa  62  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2924  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 349 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817827  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  34.02 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3631  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.32 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  34.02 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1788  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.432014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4290  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1156  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.131612 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2788  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0699  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1057  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0171524  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1178  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  30.68 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1060  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000955  3-methyladenine DNA glycosylase  28.19 
 
 		 455 aa  60.1  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.223189  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 361 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1001  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 324 aa  59.3  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0569552  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 341 aa  59.3  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 312 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1507  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 370 aa  59.3  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0872  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 382 aa  58.9  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  27.19 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 401 aa  58.9  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.63 
 
 		 334 aa  58.9  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>