More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3660 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  667    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 331 aa  102  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 318 aa  92.8  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 329 aa  88.6  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.78 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 347 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 352 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.38 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  27.39 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 261 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  23.87 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.49 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  32.19 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0126  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.338176  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.08 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 265 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 340 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 791 aa  68.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  25.18 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  34.29 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 318 aa  67  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 319 aa  67  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 319 aa  67  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 318 aa  67  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 318 aa  67  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 319 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 367 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1666  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 1121 aa  64.3  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 328 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3827  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3914  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3940  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.423213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.12 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3229  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 411 aa  63.2  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.108494  normal  0.0104866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 777 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 337 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  36.71 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 333 aa  62  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  28.37 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 791 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 332 aa  60.1  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 330 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 332 aa  59.3  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  40.45 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  31.16 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 779 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.86 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  22.57 
 
 		 313 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 556 aa  58.9  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>