More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2542 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 320 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  54.6 
 
 		 318 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 329 aa  229  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  33.65 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 325 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.02 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  30.57 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.8 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 844 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.51 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 318 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  29.11 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  31.6 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 323 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 335 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 328 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 324 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  29.63 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 342 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 791 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.62 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 777 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  32.23 
 
 		 791 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.99 
 
 		 348 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 791 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 314 aa  109  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.6 
 
 		 385 aa  107  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 368 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  28.89 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.53 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.43 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 340 aa  105  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.68 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.6 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.6 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  27.6 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.85 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.6 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.24 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 336 aa  99.4  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  24.67 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 330 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 354 aa  96.7  5e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 292 aa  95.9  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 338 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>