More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3516 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  97.48 
 
 		 318 aa  635    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  91.82 
 
 		 318 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  41.33 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  28.26 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 329 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 321 aa  112  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.61 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 346 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 346 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 346 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 326 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 777 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 791 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 321 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 321 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 326 aa  95.9  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  24.92 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 324 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 322 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  27.99 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 333 aa  89.7  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 844 aa  89.7  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 344 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 330 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 186 aa  88.2  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.12 
 
 		 347 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 330 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  86.3  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1779  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.255898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2090  helix-turn-helix domain-containing protein  31.15 
 
 		 339 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.639887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 791 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.19 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  27.56 
 
 		 791 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 367 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.64 
 
 		 301 aa  76.3  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4963  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 810 aa  75.5  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.559194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.18 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.28 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.28 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  24.28 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.28 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.05 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.85 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1374  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 85 aa  72  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.933976 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  32.61 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 323 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>