More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7635 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 288 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  46.02 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  31.85 
 
 		 324 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 330 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 347 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 329 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 346 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.28 
 
 		 385 aa  115  7.999999999999999e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 335 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.79 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.14 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.71 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.62 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  37.87 
 
 		 791 aa  106  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 318 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 325 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  27.61 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 324 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.18 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 791 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  26.33 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  26.33 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 335 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  28.3 
 
 		 340 aa  99  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 791 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  24.23 
 
 		 313 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 354 aa  97.1  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.64 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.53 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 339 aa  96.3  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 367 aa  96.3  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 844 aa  95.5  9e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.54 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 389 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  24.55 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  24.55 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 327 aa  92  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  23.21 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  24.19 
 
 		 319 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 319 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 332 aa  89.7  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 328 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 331 aa  88.6  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 777 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 340 aa  86.3  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  20.98 
 
 		 354 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 326 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 326 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 326 aa  85.5  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4762  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  27.3 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  22.56 
 
 		 340 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2090  helix-turn-helix domain-containing protein  41.51 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.639887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>