More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2046 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  674    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 329 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.21 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.24 
 
 		 385 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  26.11 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 		 319 aa  93.2  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 		 319 aa  92.8  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 319 aa  92.8  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25.16 
 
 		 319 aa  92.4  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 318 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 330 aa  87  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  26.2 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.32 
 
 		 311 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 777 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 346 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  24.36 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  21.81 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.82 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 305 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.06 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 327 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 348 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  20.83 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 356 aa  67.4  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 368 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  23.33 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  22.9 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 356 aa  65.9  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 354 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.21 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.21 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.21 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.21 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  21.45 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.21 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.37 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 391 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 316 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0126  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 326 aa  61.6  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.338176  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.73 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  20.32 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>