More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4103 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 338 aa  694    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 338 aa  694    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 340 aa  209  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  29.23 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 391 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 356 aa  133  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 344 aa  130  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 344 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 382 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 380 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 373 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 373 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 331 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 350 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  26.14 
 
 		 350 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.43 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  26.57 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.89 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 335 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  27.35 
 
 		 791 aa  98.6  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 350 aa  98.2  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  26.69 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 386 aa  96.3  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 320 aa  93.2  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 375 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  34.15 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 368 aa  90.1  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  27.53 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  29.76 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  86.3  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 171 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 325 aa  85.9  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 777 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 347 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.33 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.14 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  25.08 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 791 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  24.84 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 367 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 333 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 791 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.15 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.15 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.15 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  23.15 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  23.15 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 279 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.15 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  21.73 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>