More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2555 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  655    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  95.6 
 
 		 318 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  92.43 
 
 		 318 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  89.94 
 
 		 318 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  77.29 
 
 		 335 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  73.65 
 
 		 324 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  63.72 
 
 		 318 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  62.15 
 
 		 328 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  61.95 
 
 		 319 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  44.03 
 
 		 323 aa  292  5e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.79 
 
 		 327 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 355 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 355 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 355 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  26.76 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.68 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.47 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 368 aa  96.3  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 319 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 319 aa  92.8  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  28.72 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 319 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 389 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 341 aa  90.1  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 334 aa  89.7  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  24.92 
 
 		 405 aa  89.7  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 334 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 334 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 343 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 354 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 369 aa  85.9  7e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 332 aa  86.3  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  24.3 
 
 		 342 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  38.3 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 344 aa  82.4  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 327 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4430  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330528  normal  0.133415 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4344  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.309673  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4724  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 348 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 330 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  27.54 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  38.83 
 
 		 118 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.5 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  28.98 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  27.1 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0731  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.271743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5221  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 338 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3304  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 329 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5063  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 320 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1094  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000715  ethanolamine operon regulatory protein  35 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>