More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1873 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 318 aa  621  1e-177  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  34.3 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 327 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 341 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3895  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.155273 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 329 aa  97.4  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.94 
 
 		 338 aa  93.2  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 350 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3531  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.342116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3625  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0343147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2490  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 322 aa  90.1  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  29.8 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5361  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 324 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835792  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  41.9 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.1 
 
 		 358 aa  87  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 319 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 333 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 335 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 336 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 198 aa  80.1  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.62 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 327 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 355 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 338 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  24.62 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  26.1 
 
 		 321 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  41.51 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1227  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0166528 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 331 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  26.83 
 
 		 369 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4684  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  30.26 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4160  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.301949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4777  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  23.2 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3590  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5506  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  30.26 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1361  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3824  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347753 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 324 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2470  AraC family transcription regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0288941  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0344  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.7264  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0624  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79157  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1205  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1278  AraC family transcription regulator  40.82 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0834971  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1533  putative ethanolamine operon transcriptional regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.56366  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0947  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0977731  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1217  helix-turn-helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0937  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  35.54 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1200  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.815241  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>