More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0639 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 350 aa  704    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  67.74 
 
 		 354 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  40.77 
 
 		 329 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  37.13 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  31.14 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  30.77 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 330 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  29.66 
 
 		 321 aa  99.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 322 aa  97.1  5e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.64 
 
 		 369 aa  94  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 343 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 335 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 332 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 327 aa  89.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.46 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  28.79 
 
 		 329 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 341 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 340 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  27.02 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 362 aa  83.2  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 330 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 340 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  25.39 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4142  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00637596  normal  0.887483 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  28.25 
 
 		 329 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  30.41 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  25.46 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  30.99 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  21.51 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  22.54 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2133  transcriptional regulator, AraC family  42.06 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  29.12 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2827  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4352  AraC family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 336 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2026  AraC family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 325 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6408  AraC family transcriptional regulator  46.24 
 
 		 341 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6668  transcriptional regulator, AraC family  37.12 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0737  helix-turn-helix domain-containing protein  40.94 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.396346 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3837  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0275  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  31.3 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 333 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2896  AraC family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 302 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.311951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4066  transcriptional activator RhaS  36.94 
 
 		 278 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.828841  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>