More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4177 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  674    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 335 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 		 358 aa  92.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  28.67 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 329 aa  90.5  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  25.18 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 327 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  24.55 
 
 		 328 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  23.32 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  40.82 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 354 aa  84.3  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  24.45 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 327 aa  82.4  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 335 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 341 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0840  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.916839  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.48 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2982  AraC family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0156275  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 321 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 389 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  43.3 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  25.73 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 334 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  30.71 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 327 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 323 aa  72.4  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4430  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 348 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330528  normal  0.133415 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4344  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 348 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.309673  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 343 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  33.93 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4352  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4724  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  27.92 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0275  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  37.5 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2316  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.165621  normal  0.31305 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  24.34 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1227  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0166528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  32.33 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 352 aa  68.9  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 340 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  22.98 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0541  transcriptional regulator  32.3 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.514345  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1217  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1200  AraC family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.815241  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9068  transcriptional regulator AraC family  35.29 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2827  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 118 aa  67.4  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 392 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 133 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1094  AraC family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 374 aa  65.9  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2273  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 131 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.228874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3152  sigma-54 factor, interaction region  33.98 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2227  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 131 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.259057  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2216  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 131 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 369 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.11 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0584  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.154846  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0731  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.271743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6668  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478308  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>