More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2406 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 330 aa  678    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  80 
 
 		 330 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  70.12 
 
 		 334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  45.34 
 
 		 329 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 326 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 325 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  37.15 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 395 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  32.8 
 
 		 329 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.36 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 329 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  28.33 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 336 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 352 aa  99.8  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 341 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 328 aa  99  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  27.8 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 368 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  29.96 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  27.24 
 
 		 321 aa  92.4  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 321 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 369 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 355 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 341 aa  89  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  40 
 
 		 405 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 354 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 388 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 389 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 327 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 362 aa  87.4  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  39.83 
 
 		 378 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 341 aa  82.4  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0737  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.396346 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2026  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  22.91 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  34.59 
 
 		 358 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.34 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 339 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 118 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 329 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 333 aa  73.6  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  39.09 
 
 		 331 aa  73.2  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  25.46 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 327 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4352  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>