More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2689 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
318 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  95.6 
 
 
318 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  90.25 
 
 
318 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  91.17 
 
 
318 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  77.29 
 
 
335 aa  518  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  73.97 
 
 
324 aa  495  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  64.67 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  63.09 
 
 
328 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  60.69 
 
 
319 aa  381  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  46.54 
 
 
321 aa  318  9e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  44.65 
 
 
323 aa  288  6e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 
319 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 
337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 
327 aa  106  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
329 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 
341 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 
327 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 
355 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 
327 aa  99  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
355 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  26.86 
 
 
329 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 
341 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
355 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.47 
 
 
340 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 
327 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.57 
 
 
338 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 
319 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 
341 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
319 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
321 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
321 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
341 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  25.54 
 
 
405 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 
389 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
319 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 
319 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 
330 aa  90.5  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 
319 aa  90.5  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 
330 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
352 aa  88.2  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 
328 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 
329 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  28.72 
 
 
321 aa  86.3  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 
368 aa  85.9  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 
341 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 
341 aa  85.9  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  24.3 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  25.43 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 
343 aa  82.8  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 
354 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 
336 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.84 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  50.59 
 
 
322 aa  81.6  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 
339 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
369 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
369 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
369 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  37.32 
 
 
326 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  23.49 
 
 
330 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 
350 aa  75.9  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  25.44 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
329 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  28.37 
 
 
333 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 
319 aa  74.3  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
329 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 
326 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4430  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 
348 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330528  normal  0.133415 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4344  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 
348 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.309673  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 
335 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4724  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 
348 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 
325 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4405  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 
434 aa  71.2  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  24.91 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 
329 aa  70.5  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1094  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 
374 aa  69.7  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3497  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 
335 aa  69.7  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.747121  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 
362 aa  69.7  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2216  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529221  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2227  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.259057  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2273  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 
131 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.228874  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2827  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>