More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3887 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  667    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  40.44 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  36.1 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 392 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  33.03 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.22 
 
 		 338 aa  152  8.999999999999999e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6280  AraC/XylS family transcription factor  32.42 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  32.2 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  31.23 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  30.86 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  32.92 
 
 		 333 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 369 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 319 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  28.22 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  31.27 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 352 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 322 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  35.38 
 
 		 318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  30.36 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  35.38 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  25.58 
 
 		 330 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 321 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 335 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  28.4 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  27.76 
 
 		 405 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  28.4 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 327 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  26.69 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 336 aa  96.3  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5361  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835792  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  44.23 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  44.23 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 329 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0760  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3531  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 324 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.342116 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>