More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2464 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 329 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  59.64 
 
 		 340 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 336 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  34.56 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 326 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  32.8 
 
 		 330 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 335 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  30.83 
 
 		 342 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 355 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 355 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 343 aa  105  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  32.13 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 321 aa  95.9  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 368 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 355 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 327 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 352 aa  91.7  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  25.68 
 
 		 326 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 336 aa  89.7  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 329 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 392 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  29.02 
 
 		 340 aa  86.3  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.17 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  25.73 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  25.73 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  26.85 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 344 aa  80.9  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 350 aa  80.1  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  27.02 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 369 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  24.08 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  22.31 
 
 		 330 aa  72.8  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 358 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  26.61 
 
 		 405 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  38.18 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 388 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  41.07 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  24.29 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6668  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 354 aa  69.3  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7250  transcriptional regulator AraC family  45.45 
 
 		 332 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.76914  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 118 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  36.08 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  21.4 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  35.19 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 338 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>