More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0714 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
326 aa  664    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  77.71 
 
 
329 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  61.61 
 
 
325 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  45.06 
 
 
332 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  46.86 
 
 
330 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  44.72 
 
 
330 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  45.17 
 
 
334 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  39.69 
 
 
349 aa  209  7e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 
335 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 
340 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  33.12 
 
 
329 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 
336 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.78 
 
 
395 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 
343 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 
337 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 
336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 
327 aa  126  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  26.13 
 
 
342 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 
355 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  32.01 
 
 
355 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 
341 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
341 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 
341 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 
330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 
355 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  27.39 
 
 
321 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 
319 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 
319 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 
319 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
316 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 
392 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 
352 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 
327 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 
321 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 
368 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 
330 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  29.6 
 
 
327 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 
362 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 
319 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 
327 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 
321 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  29.74 
 
 
340 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 
326 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 
388 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  46.36 
 
 
378 aa  99.4  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 
329 aa  99  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  28.13 
 
 
333 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 
324 aa  96.3  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 
330 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 
333 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 
319 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  22.95 
 
 
333 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 
332 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 
338 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 
322 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.3 
 
 
338 aa  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 
339 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 
329 aa  89.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3895  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
324 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.155273 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5084  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0576152  normal  0.130155 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 
322 aa  85.5  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 
339 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
369 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 
369 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 
341 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.84 
 
 
198 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0577701  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3625  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0343147  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 
350 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 
334 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0928  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 
322 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0048555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3531  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 
324 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.342116 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 
318 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0335  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 
355 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5361  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 
324 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835792  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
334 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
341 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
334 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
334 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  38.24 
 
 
405 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
389 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  34.76 
 
 
331 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
341 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2490  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 
324 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27141  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0136  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 
344 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.421532  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 
354 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 
291 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2919  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 
351 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>