More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1252 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
388 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  33.33 
 
 
378 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  29.03 
 
 
1129 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0591  putative sensor protein  30.12 
 
 
1121 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  38.13 
 
 
329 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 
326 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
325 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  28.74 
 
 
1036 aa  99.8  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 
335 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  42.73 
 
 
395 aa  96.3  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.75 
 
 
1015 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.75 
 
 
1015 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  42.73 
 
 
330 aa  93.6  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 
3706 aa  92.8  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 
332 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
1009 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.46 
 
 
1009 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.97 
 
 
1015 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.97 
 
 
1015 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.36 
 
 
1079 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 
1009 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.46 
 
 
1018 aa  90.5  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  28.63 
 
 
998 aa  90.1  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.74 
 
 
1010 aa  90.1  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 
330 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 
334 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  28.96 
 
 
427 aa  87.8  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 
340 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.31 
 
 
1020 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 
1676 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  28.26 
 
 
1105 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  28.16 
 
 
1047 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  28.69 
 
 
1120 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.54 
 
 
1109 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
349 aa  80.5  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.31 
 
 
1051 aa  80.1  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.58 
 
 
1020 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  25.14 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  27.04 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  42.73 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.91 
 
 
1012 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 
1333 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.49 
 
 
1014 aa  74.7  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 
224 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  26.34 
 
 
1117 aa  74.3  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  34.82 
 
 
952 aa  73.9  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.53 
 
 
1301 aa  73.6  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
659 aa  73.6  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.47344  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1559 aa  73.2  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 
279 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 
319 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 
260 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
319 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 
327 aa  71.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.65 
 
 
1143 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  28.57 
 
 
255 aa  71.2  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.65 
 
 
1143 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 
327 aa  70.9  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.87 
 
 
904 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  29.84 
 
 
692 aa  69.7  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  27.45 
 
 
1187 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 
256 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0253  sensory box histidine kinase  35 
 
 
830 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.73 
 
 
1068 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
936 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.17 
 
 
915 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
321 aa  68.6  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
1088 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 
319 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.75 
 
 
1043 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.698632  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 
281 aa  68.2  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
341 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  27.17 
 
 
261 aa  67.4  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2699  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1099 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 
336 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 
341 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
341 aa  67  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
355 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 
640 aa  67  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
355 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.66 
 
 
1047 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 
327 aa  66.2  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.66 
 
 
1047 aa  66.6  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  28.24 
 
 
1428 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2714  transcriptional regulator EutR  39.81 
 
 
350 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2599  transcriptional regulator EutR  39.81 
 
 
350 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
330 aa  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3560  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.7 
 
 
712 aa  66.2  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348943  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  20.75 
 
 
2693 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  34.45 
 
 
821 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0478  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 
324 aa  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2855  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
712 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>