More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4131 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 260 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  94.62 
 
 		 260 aa  503  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  94.23 
 
 		 279 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  81.35 
 
 		 256 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 281 aa  332  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  61.44 
 
 		 265 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  63.89 
 
 		 224 aa  290  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 264 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  52.89 
 
 		 264 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 279 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  52.89 
 
 		 264 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 279 aa  259  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 256 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  51.01 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 294 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 290 aa  251  7e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 245 aa  211  7.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  48.86 
 
 		 242 aa  209  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 267 aa  205  7e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  43.15 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  41.15 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  37.39 
 
 		 261 aa  165  8e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  38.39 
 
 		 256 aa  135  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  26.79 
 
 		 255 aa  122  6e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 295 aa  75.5  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 366 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 266 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 583 aa  69.3  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 277 aa  68.9  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.88 
 
 		 548 aa  68.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0954  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 		 346 aa  68.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.856165  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.64 
 
 		 772 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.84 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 337 aa  67  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 156 aa  66.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 		 1211 aa  66.2  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  32.98 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 		 1015 aa  65.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.93 
 
 		 933 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 331 aa  65.5  0.0000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  39.13 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 513 aa  65.5  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  39.13 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4031  putative PAS/PAC sensor protein  30.61 
 
 		 579 aa  64.7  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.822958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 		 986 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2418  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  35.04 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>