More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0773 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  38.86 
 
 		 211 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 240 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 249 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  28.51 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  25.61 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 281 aa  78.2  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  24.14 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 348 aa  76.6  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 332 aa  75.1  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 332 aa  75.1  0.0000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  35.43 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 267 aa  73.9  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2618  hypothetical protein  25.64 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  25.32 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.48 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  25.32 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 513 aa  73.2  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 347 aa  72.8  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2800  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 332 aa  72  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  37.17 
 
 		 224 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 257 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  29.94 
 
 		 329 aa  72  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 260 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 279 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  35 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.56 
 
 		 285 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2470  hypothetical protein  26.45 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1058  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.787566  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 530 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  33.67 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4599  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  40 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 346 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 248 aa  68.6  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3734  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  35.24 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  23.98 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 274 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 320 aa  67.8  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 162 aa  67.4  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0879  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  67  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000031891  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 310 aa  67  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  22.03 
 
 		 243 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 142 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.58 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 323 aa  67  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 331 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2799  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5179  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>