More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2418 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2418  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 338 aa  678    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2824  transcriptional regulator, AraC family  94.97 
 
 		 338 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.60964 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1416  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 331 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4871  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 361 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  31.2 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  33.33 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 330 aa  105  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  27 
 
 		 336 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  27.19 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  26.55 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  29.58 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  27.34 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 324 aa  99.8  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  26.13 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 347 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  33.64 
 
 		 322 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 314 aa  95.9  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 347 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 335 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 330 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 332 aa  92.8  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  25.2 
 
 		 329 aa  92  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5345  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  32.89 
 
 		 329 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4355  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 356 aa  89.7  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  27.16 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  27.97 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  28.02 
 
 		 347 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 338 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 331 aa  85.9  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  25.7 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  33.11 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3549  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.757715  normal  0.622262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1692  transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.49 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 335 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  32.62 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  23.23 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 337 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0230  transcriptional regulator  31 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  32.35 
 
 		 324 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  25 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  32.03 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2953  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 349 aa  81.3  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  32.03 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 348 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  31.6 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  31.6 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  24.93 
 
 		 340 aa  79.7  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6224  AraC family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 343 aa  79.3  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 348 aa  79.3  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 331 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5179  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>