More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3263 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  100 
 
 
322 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  79.49 
 
 
318 aa  510  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  79.49 
 
 
318 aa  509  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  76.64 
 
 
321 aa  508  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  78.3 
 
 
318 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  69.45 
 
 
316 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  69.45 
 
 
316 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  69.45 
 
 
316 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  66.99 
 
 
316 aa  425  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  63.9 
 
 
317 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  62.7 
 
 
311 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  62.58 
 
 
313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  62.34 
 
 
314 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  61.11 
 
 
342 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  60.26 
 
 
312 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  60 
 
 
314 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  58.9 
 
 
317 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  61 
 
 
311 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  58.33 
 
 
323 aa  358  8e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  55.13 
 
 
313 aa  357  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  55.84 
 
 
330 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  55.84 
 
 
319 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  53.82 
 
 
316 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  56.7 
 
 
321 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  56.7 
 
 
321 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  54.06 
 
 
325 aa  345  5e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  56.39 
 
 
321 aa  344  8.999999999999999e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  54.26 
 
 
319 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  55.13 
 
 
320 aa  340  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  52.47 
 
 
326 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  56.6 
 
 
339 aa  329  4e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  54.81 
 
 
318 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  55.45 
 
 
318 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  52.58 
 
 
312 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  52.58 
 
 
312 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  51.95 
 
 
318 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  55.84 
 
 
320 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  55.84 
 
 
320 aa  308  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  49.84 
 
 
315 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  50.48 
 
 
315 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  50.48 
 
 
315 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  50.8 
 
 
315 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 
317 aa  288  9e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  50.48 
 
 
315 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  50.16 
 
 
315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 
324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  47.1 
 
 
315 aa  264  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  47.1 
 
 
312 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  46.13 
 
 
322 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  46.13 
 
 
312 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  45.63 
 
 
331 aa  256  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  47.74 
 
 
310 aa  257  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  43.91 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  47.04 
 
 
312 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  45.11 
 
 
311 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  45.11 
 
 
311 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  48 
 
 
338 aa  239  4e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  42.36 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  47.64 
 
 
338 aa  231  9e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  42.36 
 
 
327 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  43.94 
 
 
322 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  44.51 
 
 
357 aa  223  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  45.09 
 
 
324 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  45.09 
 
 
324 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  45.09 
 
 
324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  43.85 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  45.8 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  45.8 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  45.61 
 
 
321 aa  220  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
336 aa  219  5e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  45.17 
 
 
338 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  44.36 
 
 
334 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  43.88 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 
328 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  43.55 
 
 
351 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2949  transcriptional regulator, AraC family  49.3 
 
 
437 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 
322 aa  215  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  47.93 
 
 
387 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  41.43 
 
 
334 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1036  transcriptional regulator  46.98 
 
 
375 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  44.48 
 
 
342 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 
344 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  47.14 
 
 
320 aa  211  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  45.14 
 
 
327 aa  210  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  41.16 
 
 
339 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0793  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 
363 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  normal  0.0945991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
334 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  41.4 
 
 
319 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6979  transcriptional regulator, AraC family  41.34 
 
 
319 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 
327 aa  209  6e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  43.6 
 
 
322 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 
336 aa  209  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 
354 aa  209  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  40 
 
 
334 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 
319 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  40.19 
 
 
345 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 
344 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  40 
 
 
334 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 
344 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 
362 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>