More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4563 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 255 aa  530  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  95.29 
 
 		 256 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  87.36 
 
 		 279 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 264 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 264 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  79.6 
 
 		 264 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 264 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 264 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  80.32 
 
 		 264 aa  417  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  82.01 
 
 		 279 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  76.57 
 
 		 311 aa  390  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 290 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 290 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 290 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 290 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  75.21 
 
 		 290 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  57.38 
 
 		 265 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  60 
 
 		 224 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 279 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  52.14 
 
 		 281 aa  263  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 260 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 256 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 245 aa  228  1e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  48.66 
 
 		 242 aa  227  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  44.2 
 
 		 241 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  39.91 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 267 aa  179  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  37.84 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.6 
 
 		 255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  34.7 
 
 		 256 aa  125  6e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 		 1453 aa  77.8  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 812 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 1211 aa  76.3  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.63 
 
 		 781 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1914  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 516 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12290  Transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 282 aa  72  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2604  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 1254 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.545668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 266 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  35.05 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.38 
 
 		 765 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 		 986 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.54 
 
 		 772 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0769  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 154 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2480  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  32.5 
 
 		 519 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 323 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  38.14 
 
 		 294 aa  67  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 275 aa  67  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 339 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 288 aa  65.5  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  34.17 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3734  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 345 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252333  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  33.61 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  36.73 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  33.61 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 146 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.53 
 
 		 828 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174312  normal  0.520145 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.19 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 340 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>