More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1157 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 245 aa  289  3e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 279 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 260 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  33.04 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 281 aa  140  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 240 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.2 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  32.33 
 
 		 265 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 279 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  30.8 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  33.18 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 264 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 245 aa  128  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 256 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 294 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 290 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  28.51 
 
 		 256 aa  99.4  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 		 933 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 409 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 287 aa  75.5  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2800  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 409 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.71 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  41.49 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  35.87 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  35.65 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  35.65 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  35 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 530 aa  72.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 343 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  41.57 
 
 		 343 aa  72.4  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 273 aa  72  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  38.95 
 
 		 293 aa  72  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 812 aa  72  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  32.76 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  36.84 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 334 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 986 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3070  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.362329  normal  0.0397869 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  34.78 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.62 
 
 		 1442 aa  69.7  0.00000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 323 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 336 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>