More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0219 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  615  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  40.07 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  40.07 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  40.07 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  40.07 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  39.93 
 
 		 303 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  39.02 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1171  sensor histidine kinase  28.89 
 
 		 410 aa  96.3  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.400646  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0918  histidine kinase  29.57 
 
 		 443 aa  94.7  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1002  sensor histidine kinase  29.12 
 
 		 410 aa  94  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1178  histidine kinase internal region  28.57 
 
 		 414 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.88 
 
 		 513 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  36.13 
 
 		 537 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1399  two component sensor histidine kinase  32.74 
 
 		 565 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 533 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 359 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 519 aa  81.3  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  39.39 
 
 		 530 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  37.37 
 
 		 286 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 548 aa  79  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 538 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  44.94 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 517 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  33.87 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  34.53 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 493 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 286 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  36.88 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  31.15 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  33.33 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 265 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 515 aa  72.4  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 544 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 463 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 248 aa  72  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 273 aa  72  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 287 aa  72.4  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  32.73 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1856  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 793 aa  71.2  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.1682  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  32.71 
 
 		 507 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  34.38 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 320 aa  71.2  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  32.73 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  25.71 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0488  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 503 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 760 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.26 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3963  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 519 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 773 aa  70.1  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.1 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3836  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3780  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>