More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1378 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  592  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  75.09 
 
 		 303 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 293 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 290 aa  252  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  43.9 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  44.1 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  43.75 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.45 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 278 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 273 aa  97.1  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  25.9 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.2 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 273 aa  79.7  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  25 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 276 aa  75.5  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  24.75 
 
 		 537 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.05 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  22.9 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  33.01 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 344 aa  71.6  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 430 aa  72  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 533 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.12 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.74 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  35.56 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 154 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 289 aa  68.2  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2976  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 275 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00165868  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0844  AraC family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  34.58 
 
 		 315 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  24.74 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  28.94 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  38.3 
 
 		 160 aa  66.2  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 329 aa  65.9  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.41 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0374  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.41 
 
 		 198 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  21.36 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.41 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 538 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  28.43 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 179 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 297 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.62 
 
 		 300 aa  64.7  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.74 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  28.46 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  22.36 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>