More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0415 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  600  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  99.65 
 
 		 288 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  23.57 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  23.57 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  23.31 
 
 		 301 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  25.69 
 
 		 303 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 292 aa  89  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.85 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 293 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  22.44 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 282 aa  86.3  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  26.45 
 
 		 310 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  29.36 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  22.04 
 
 		 276 aa  79.7  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  22.96 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  22.98 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 1201 aa  76.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  22 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.22 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  28.3 
 
 		 272 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00274  transcriptional regulator, AraC family protein  23.78 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  24.91 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  20.46 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.8 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.8 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  24.71 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4554  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  22.55 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  30.47 
 
 		 329 aa  72.8  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 276 aa  72.4  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  42.05 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000211757 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  42.53 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  41.38 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  21.65 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1284  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.960401  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.76 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  25.1 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.76 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.76 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.76 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 513 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 255 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.76 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  44.58 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.34 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.28 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  44.58 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  44.58 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 323 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1137  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000101216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  23.36 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>