More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1862 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 300 aa  633  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  50.51 
 
 		 306 aa  322  4e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  39.52 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.24 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  30.82 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  32.27 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 293 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.48 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  27.18 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  27.4 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  27.95 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  27.34 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 284 aa  88.2  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  24.5 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 288 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 533 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  21.57 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.69 
 
 		 279 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 273 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 537 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 532 aa  76.3  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  30.99 
 
 		 386 aa  75.9  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  23.18 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.1 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 276 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 513 aa  74.3  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  73.6  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  31.53 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  22.49 
 
 		 273 aa  73.6  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 519 aa  72.8  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 430 aa  72.8  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 281 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.39 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2976  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00165868  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 548 aa  70.5  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  22.41 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 517 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3306  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 508 aa  70.1  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0285  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000546061  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3086  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000257264  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.59 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  24.57 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 275 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.39 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1984  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 275 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  30.3 
 
 		 529 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  30.3 
 
 		 529 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 285 aa  68.9  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 112 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.59 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 531 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 544 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 546 aa  68.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>