More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3601 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  579  1e-164  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00274  transcriptional regulator, AraC family protein  39.78 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.55 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  23.43 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  23.83 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 293 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  36.94 
 
 		 301 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 361 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.26 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  25.2 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  24.9 
 
 		 303 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 154 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 288 aa  63.5  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  24.22 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 773 aa  62.4  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  30.4 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 147 aa  61.2  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 261 aa  60.8  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 153 aa  61.2  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 147 aa  61.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  31 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 338 aa  60.8  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  23.61 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2747  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  41.1 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.87 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  35.29 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.11 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  34.07 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 342 aa  58.9  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  33.33 
 
 		 302 aa  58.9  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  38.36 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  23.32 
 
 		 289 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 332 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  25.5 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5286  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.371656  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 308 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  34.12 
 
 		 289 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 147 aa  58.5  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>