More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00274 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00274  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 
284 aa  595  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  39.78 
 
 
278 aa  222  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.52 
 
 
285 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 
288 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 
288 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 
275 aa  71.2  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 
361 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  25.3 
 
 
307 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
299 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  24.5 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.64 
 
 
156 aa  65.9  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 
282 aa  65.9  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
154 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 
281 aa  64.7  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 
261 aa  64.3  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  21.86 
 
 
300 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  20.82 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  20 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 
134 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 
773 aa  63.2  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 
262 aa  63.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 
150 aa  62.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2747  transcriptional regulator  31.68 
 
 
338 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 
293 aa  62.4  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
261 aa  62.4  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 
311 aa  62.4  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
293 aa  62.4  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0205  helix-turn-helix domain-containing protein  27.52 
 
 
231 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517916  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
325 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.94 
 
 
255 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  19.23 
 
 
278 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 
327 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  35.16 
 
 
324 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  27.74 
 
 
530 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 
322 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
311 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 
338 aa  61.2  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
311 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
327 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
311 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  25 
 
 
306 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.88 
 
 
307 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0023  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 
155 aa  60.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 
168 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
313 aa  60.5  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03507  hypothetical protein  25.88 
 
 
307 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.702446  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4745  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 
336 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 
164 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 
237 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4095  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 
336 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4189  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 
297 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1312  AraC family transcriptional regulator  21.05 
 
 
309 aa  60.8  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3422  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 
336 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 
168 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 
463 aa  60.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 
318 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 
147 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5113  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 
297 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.52445 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
332 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
315 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 
285 aa  60.1  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4046  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
297 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 
519 aa  59.7  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0838  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 
273 aa  59.3  0.00000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346138 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
325 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
291 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 
311 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  48.39 
 
 
292 aa  59.3  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
325 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 
346 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
325 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2328  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241475  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 
157 aa  59.3  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  31.48 
 
 
289 aa  59.3  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
146 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
146 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
146 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0423  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
310 aa  58.9  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
324 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 
275 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 
147 aa  58.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
678 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1546  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 
275 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000827637  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 
139 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 
156 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
147 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.84 
 
 
289 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>