More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6355 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
265 aa  539  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  60.41 
 
 
255 aa  291  6e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  53.44 
 
 
250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  40.25 
 
 
281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
262 aa  158  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
281 aa  157  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.69 
 
 
255 aa  155  7e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  40.08 
 
 
261 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 
256 aa  149  5e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  39.75 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 
296 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
292 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  44.86 
 
 
297 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  51.65 
 
 
305 aa  102  8e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  47.06 
 
 
281 aa  95.5  9e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  45.19 
 
 
291 aa  92  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.15 
 
 
250 aa  90.1  3e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 
168 aa  89.7  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  41.18 
 
 
198 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 
198 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 
198 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  41.67 
 
 
141 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  41.41 
 
 
111 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 
296 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 
204 aa  84  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 
286 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 
300 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  41.51 
 
 
134 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 
156 aa  80.5  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 
148 aa  80.5  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 
250 aa  79  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 
144 aa  79  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 
145 aa  78.6  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
316 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 
142 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 
162 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.84 
 
 
150 aa  76.3  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 
361 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
282 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 
513 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
287 aa  75.5  0.0000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 
148 aa  74.7  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3526  transcriptional regulator, AraC family  21.51 
 
 
266 aa  74.7  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0204519  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  37.62 
 
 
303 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 
157 aa  73.9  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  45.16 
 
 
145 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 
147 aa  74.3  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  45.88 
 
 
314 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
154 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 
331 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
290 aa  73.2  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.63505 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.38 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 
144 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 
1201 aa  73.2  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 
149 aa  72.8  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 
338 aa  72.4  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 
144 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  38.26 
 
 
151 aa  72.4  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  35.71 
 
 
324 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 
147 aa  72  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  42.22 
 
 
315 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  42.22 
 
 
315 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  36.46 
 
 
301 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 
139 aa  72  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  41.11 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 
291 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
143 aa  71.6  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 
150 aa  72  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5179  transcriptional regulator, AraC family  41.57 
 
 
352 aa  72  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 
148 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 
160 aa  72  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 
147 aa  71.6  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 
150 aa  72  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
306 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
306 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 
284 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
296 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  32.69 
 
 
266 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
146 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  32.38 
 
 
537 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
146 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 
118 aa  70.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
146 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>