More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4104 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 250 aa  491  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  53.44 
 
 		 265 aa  243  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  55.33 
 
 		 255 aa  243  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  46.67 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  44.86 
 
 		 281 aa  172  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  43.08 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 255 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  39.84 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 281 aa  157  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  50.88 
 
 		 297 aa  118  9e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 292 aa  111  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  51.58 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  47.12 
 
 		 291 aa  97.8  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 281 aa  96.3  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.47 
 
 		 250 aa  95.5  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  42.99 
 
 		 168 aa  87.8  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  48.48 
 
 		 158 aa  86.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 204 aa  85.1  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  45.63 
 
 		 141 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  44.23 
 
 		 148 aa  84.7  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  42.57 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  46.39 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  48.45 
 
 		 150 aa  81.3  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  45.78 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  45.36 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 513 aa  79  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  45.36 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 150 aa  78.2  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  38 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 156 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 144 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  38 
 
 		 111 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 533 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 142 aa  76.6  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  43.37 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 296 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 139 aa  75.1  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  46.74 
 
 		 145 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  36.19 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 519 aa  74.7  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.27 
 
 		 164 aa  73.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.01 
 
 		 156 aa  73.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 134 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  45.98 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 147 aa  73.6  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 168 aa  73.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  33.65 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 146 aa  72.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 344 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 150 aa  72  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  72  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 157 aa  72  0.000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  40.82 
 
 		 149 aa  72  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 315 aa  72  0.000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 147 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  31.78 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1548  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 160 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>