More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6385 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 256 aa  523  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  46.67 
 
 		 250 aa  202  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 281 aa  177  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 261 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  41.46 
 
 		 281 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 		 265 aa  160  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  38.43 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 292 aa  121  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  37.57 
 
 		 250 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  29.32 
 
 		 305 aa  97.8  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 204 aa  93.2  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  43.81 
 
 		 291 aa  92  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 327 aa  87  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  46.59 
 
 		 148 aa  86.3  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 168 aa  85.9  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 291 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 162 aa  85.5  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  43.3 
 
 		 141 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  42.71 
 
 		 156 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 		 158 aa  84.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3526  transcriptional regulator, AraC family  18.4 
 
 		 266 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0204519  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 142 aa  82.4  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 145 aa  82  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 346 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 154 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 270 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 322 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  43.82 
 
 		 144 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  43.82 
 
 		 144 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  41.24 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 147 aa  79.3  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  43.82 
 
 		 140 aa  79  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  39.58 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 291 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 312 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 198 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  41.57 
 
 		 150 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  34.62 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 147 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.92 
 
 		 497 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 150 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  36.84 
 
 		 111 aa  77  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  38.53 
 
 		 139 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.05 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 517 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.57 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 286 aa  75.9  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 530 aa  75.5  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 157 aa  75.5  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2327  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.223293  normal  0.02817 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>