More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2057 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 291 aa  577  1e-164  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  79.85 
 
 		 281 aa  409  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  35.32 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 261 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  47.12 
 
 		 250 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  46.08 
 
 		 281 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 261 aa  92.8  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 281 aa  92.8  6e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 265 aa  92  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  41.41 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  43.56 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  44.68 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  38.39 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  41.51 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  44.94 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  40.43 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2799  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 		 278 aa  77.8  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  44.79 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 272 aa  77.4  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 154 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.29 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 373 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 326 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  35.51 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 373 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1064  AraC-like transcriptional regulator  41.18 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  39 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  42.71 
 
 		 148 aa  75.5  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 329 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  34.29 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 307 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  39.78 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0407  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 325 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.11 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  34.34 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 291 aa  72.8  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 519 aa  72.8  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 323 aa  72.8  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 		 198 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  35.79 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  37.63 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 257 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>