More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1395 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  99.67 
 
 		 306 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  92.13 
 
 		 306 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  97.38 
 
 		 306 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  68.84 
 
 		 309 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  62.25 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  62.98 
 
 		 329 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  59.18 
 
 		 302 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 315 aa  349  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  58.84 
 
 		 302 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 313 aa  333  3e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  54.82 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  51.39 
 
 		 300 aa  286  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  53.65 
 
 		 307 aa  286  4e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 320 aa  281  7.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  48.69 
 
 		 306 aa  281  1e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  50.56 
 
 		 312 aa  279  3e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2814  transcriptional regulator, AraC family  49.33 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00480171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  48.72 
 
 		 311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  48.28 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 		 302 aa  265  7e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 311 aa  262  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  45.61 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  44.79 
 
 		 305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 320 aa  258  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  50.18 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  43 
 
 		 307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 331 aa  253  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 314 aa  249  3e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  47.96 
 
 		 390 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 327 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 327 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  45.94 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  45.49 
 
 		 320 aa  244  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  46.64 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  49.01 
 
 		 320 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  45.21 
 
 		 307 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 307 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 307 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 338 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  45.67 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  47.74 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 338 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1453  AraC family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 299 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 272 aa  230  3e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  48.32 
 
 		 295 aa  229  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 323 aa  225  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  44.91 
 
 		 317 aa  225  9e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  41.3 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  42.09 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 354 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  41.75 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  41.91 
 
 		 336 aa  215  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2611  AraC family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  44.53 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  43.36 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  44.79 
 
 		 291 aa  213  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  41.89 
 
 		 318 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3721  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0850692  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4647  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.951834 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 373 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32460  transciption regulator, AraC-family  43.03 
 
 		 269 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5657  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760832 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 373 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  40.89 
 
 		 296 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  42.51 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  40.83 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>