More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2712 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  613  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 302 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 298 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 338 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 338 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 338 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 338 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  56.6 
 
 		 321 aa  315  9e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  54.96 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  52.54 
 
 		 312 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 320 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  51.53 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 312 aa  300  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  52.3 
 
 		 307 aa  298  5e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  53.68 
 
 		 320 aa  298  6e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  55.17 
 
 		 311 aa  294  9e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  50.67 
 
 		 314 aa  293  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 315 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  50.34 
 
 		 307 aa  289  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  50.87 
 
 		 302 aa  288  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 307 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 314 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 331 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  50.53 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 321 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  54.51 
 
 		 310 aa  273  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  49.66 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  47 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 331 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 310 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  49.25 
 
 		 390 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 327 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  46.62 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 329 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 306 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  44.53 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  45.55 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 303 aa  238  8e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  45.36 
 
 		 300 aa  238  9e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  46.62 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  46.82 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  46.21 
 
 		 317 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 313 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  45 
 
 		 299 aa  234  9e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  45.59 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  44.66 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  44.32 
 
 		 307 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  45.66 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  48.13 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  43.68 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2814  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 330 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00480171  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1453  AraC family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  45.94 
 
 		 307 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  43.22 
 
 		 321 aa  219  5e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 284 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  45.04 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 272 aa  216  2e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 322 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  41.73 
 
 		 296 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  42.64 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  43.01 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  41.33 
 
 		 330 aa  212  7.999999999999999e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  42.81 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  42.29 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 323 aa  210  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 373 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2611  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4219  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.767301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0407  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 326 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  39.19 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 354 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  40.15 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>