More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2576 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  632  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  55.9 
 
 
302 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  55.48 
 
 
302 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  48.5 
 
 
320 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  49.33 
 
 
320 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  50.51 
 
 
307 aa  295  7e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  52.08 
 
 
310 aa  292  6e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  47.67 
 
 
320 aa  282  5.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  48.64 
 
 
331 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  48.82 
 
 
390 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
327 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
325 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
325 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
325 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  48.82 
 
 
327 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  49.5 
 
 
307 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  47.39 
 
 
312 aa  279  3e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  47.9 
 
 
312 aa  279  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  49.17 
 
 
308 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  48.84 
 
 
308 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  49.17 
 
 
307 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  49.17 
 
 
307 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  47.74 
 
 
315 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  46.85 
 
 
311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  51.22 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 
309 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  48.1 
 
 
303 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  46.53 
 
 
314 aa  270  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  47.81 
 
 
305 aa  269  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 
302 aa  268  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  47.22 
 
 
302 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 
306 aa  265  5e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  47.22 
 
 
303 aa  265  5e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2814  transcriptional regulator, AraC family  47.93 
 
 
330 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00480171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  45.15 
 
 
302 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  46.53 
 
 
302 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  44.78 
 
 
314 aa  262  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  48.96 
 
 
300 aa  262  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  46.37 
 
 
320 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  45.49 
 
 
306 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 
329 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  45.1 
 
 
310 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  44.48 
 
 
320 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  41.9 
 
 
307 aa  249  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  47 
 
 
321 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  44.37 
 
 
305 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  42.91 
 
 
315 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 
313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
338 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
338 aa  244  9e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  42.56 
 
 
321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  43.06 
 
 
307 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  45.28 
 
 
323 aa  239  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  42.01 
 
 
307 aa  236  3e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  42.21 
 
 
318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  42.18 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  42.56 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 
302 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4219  AraC family transcriptional regulator  46.53 
 
 
302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.767301  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  44.29 
 
 
311 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  45.49 
 
 
303 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 
307 aa  231  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 
302 aa  230  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 
306 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  44.13 
 
 
313 aa  229  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  45.67 
 
 
306 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  41.69 
 
 
321 aa  229  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  46.38 
 
 
310 aa  229  4e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 
296 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2611  AraC family transcriptional regulator  44.64 
 
 
299 aa  225  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  42.07 
 
 
298 aa  223  2e-57  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  43.94 
 
 
272 aa  224  2e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  42.55 
 
 
303 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  39.86 
 
 
312 aa  223  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 
303 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  41.58 
 
 
299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  42.55 
 
 
330 aa  221  9e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  42.39 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 
331 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  44.77 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  40.33 
 
 
317 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6605  AraC family transcriptional regulator  41.55 
 
 
354 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0589608  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1064  AraC-like transcriptional regulator  41.75 
 
 
304 aa  218  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  43.84 
 
 
303 aa  218  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  42.07 
 
 
299 aa  217  2e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  45.66 
 
 
299 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  38.77 
 
 
302 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.92 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.137001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  44.2 
 
 
298 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3721  AraC family transcriptional regulator  43.71 
 
 
299 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0850692  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4647  AraC family transcriptional regulator  43.71 
 
 
299 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.951834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32460  transciption regulator, AraC-family  44.03 
 
 
269 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  40.55 
 
 
373 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 
291 aa  209  4e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  42.86 
 
 
303 aa  209  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5657  AraC family transcriptional regulator  43.36 
 
 
299 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>