More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0625 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0625  transcription regulator protein  100 
 
 		 321 aa  654    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2598  transcriptional regulator, AraC family  69.54 
 
 		 320 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  69.42 
 
 		 320 aa  407  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3397  transcriptional regulator, AraC family  65.99 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.973047  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  64.24 
 
 		 307 aa  371  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2599  AraC family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 315 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.39443 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  60.67 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2981  AraC family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 321 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183926  normal  0.873527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1947  AraC-like transcriptional regulator  59.46 
 
 		 303 aa  358  5e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 338 aa  349  3e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 338 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 338 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  62.59 
 
 		 310 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  58.8 
 
 		 320 aa  340  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  56.69 
 
 		 312 aa  339  4e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  57.05 
 
 		 307 aa  338  5e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 338 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  55.08 
 
 		 312 aa  334  1e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  55.4 
 
 		 302 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  53.69 
 
 		 314 aa  325  9e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  52.63 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  53.85 
 
 		 305 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 299 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 298 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  51.03 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 314 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001029  transcriptional regulator  47.64 
 
 		 307 aa  295  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 331 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3759  AraC family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 320 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.831602  hitchhiker  0.00901781 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  48.97 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 320 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  48.75 
 
 		 390 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  49.28 
 
 		 302 aa  259  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 306 aa  256  3e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2498  transcriptional regulator, AraC family  49.45 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467728  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  47.55 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 309 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 329 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  47 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 307 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4835  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 307 aa  248  9e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  47.55 
 
 		 310 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3606  AraC-like transcriptional regulator  49.82 
 
 		 295 aa  245  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  50.18 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  44.19 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2814  transcriptional regulator, AraC family  45.83 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00480171  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  44.22 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  47.37 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  43.53 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 313 aa  228  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3074  transcriptional regulator, AraC family  44.1 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.618991  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  43.9 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3237  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 322 aa  225  7e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2283  transcriptional regulator, AraC family  44.33 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3357  AraC family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.784583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  43.23 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 311 aa  218  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  42.4 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  43.22 
 
 		 321 aa  212  7e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1453  AraC family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4219  AraC family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.767301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  45.6 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1981  AraC family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2611  AraC family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2236  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 272 aa  199  5e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  38.83 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 323 aa  195  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  40.4 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0694  transcriptional regulator, AraC family  44.62 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  39.2 
 
 		 299 aa  192  9e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6678  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 373 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.41036  normal  0.11497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0407  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6202  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 373 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00724324 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  45.52 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0723  AraC-like transcriptional regulator  42.97 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.489115  normal  0.454962 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0736  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5835  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3546  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  36.14 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.137001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>