More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2229 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2229  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 160 aa  325  2.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2347  AraC family transcriptional regulator  87.92 
 
 		 153 aa  237  5.999999999999999e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.745211  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  82.58 
 
 		 139 aa  228  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2677  AraC family transcriptional regulator  80.77 
 
 		 147 aa  220  8e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.968923  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4177  AraC family transcriptional regulator  82.4 
 
 		 147 aa  219  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.0005743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  75.91 
 
 		 146 aa  213  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  75.91 
 
 		 146 aa  213  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  75.91 
 
 		 146 aa  213  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0110  transcriptional regulator, AraC family  71.85 
 
 		 148 aa  210  7.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  79.34 
 
 		 149 aa  209  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  70.83 
 
 		 150 aa  207  6e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  70 
 
 		 147 aa  202  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  75.2 
 
 		 147 aa  201  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  70.07 
 
 		 156 aa  198  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  76.03 
 
 		 151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2902  transcriptional regulator, AraC family  75.41 
 
 		 148 aa  197  5e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000233249  hitchhiker  0.0000148724 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  69.47 
 
 		 143 aa  197  5e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  72.18 
 
 		 156 aa  193  8.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1692  transcriptional regulator, AraC family  76.12 
 
 		 144 aa  193  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.623268  normal  0.377935 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3172  transcriptional regulator, AraC family  75.56 
 
 		 147 aa  192  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000984429 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 148 aa  177  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  72.41 
 
 		 155 aa  176  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  63.64 
 
 		 141 aa  173  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  62.32 
 
 		 145 aa  167  6e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  58.52 
 
 		 144 aa  152  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2622  AraC family transcriptional regulator  84.09 
 
 		 144 aa  152  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0868161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  69.09 
 
 		 134 aa  151  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 154 aa  150  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  61.34 
 
 		 150 aa  140  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 142 aa  117  9e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  48.44 
 
 		 150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  49.57 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  50.88 
 
 		 148 aa  109  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  45.86 
 
 		 145 aa  108  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  50.85 
 
 		 158 aa  105  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4299  transcriptional regulator, AraC family  46.03 
 
 		 144 aa  105  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40.56 
 
 		 164 aa  104  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 144 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  50.89 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  44.54 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  42.59 
 
 		 156 aa  96.7  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 168 aa  95.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 168 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  38.4 
 
 		 164 aa  92.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0841  transcriptional regulator, AraC family  40.8 
 
 		 176 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 168 aa  88.6  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  48 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  39.2 
 
 		 153 aa  87  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1506  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 182 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1022  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 145 aa  84.3  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532062  normal  0.274495 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 204 aa  80.5  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 296 aa  78.2  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  77.4  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 112 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 133 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 291 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 291 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  44.68 
 
 		 255 aa  73.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 322 aa  73.9  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 265 aa  72  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 250 aa  71.6  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 292 aa  71.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 513 aa  70.9  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 286 aa  70.5  0.000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.55 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  35.51 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  31.19 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  39.66 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  33.33 
 
 		 287 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  33.33 
 
 		 301 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 301 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 314 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 305 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 291 aa  68.2  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 292 aa  67.8  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  36.73 
 
 		 324 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  38.14 
 
 		 291 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2162  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 284 aa  67.4  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.637504 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  35.92 
 
 		 304 aa  67.4  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 340 aa  67.4  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 		 261 aa  67  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>