More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3056 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 344 aa  702    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2690  AraC family transcriptional regulator  50.45 
 
 		 351 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.671467 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 354 aa  255  8e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09770  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  40.06 
 
 		 335 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2402  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 369 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0907  putative transcriptional regulator  38.16 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2385  transcriptional regulator  36.73 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.259464  unclonable  0.0000372406 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 368 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0987  transcriptional regulator  34.06 
 
 		 375 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6285  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.716439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  33.65 
 
 		 367 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 367 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4061  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 401 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.135508  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  33.97 
 
 		 331 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0465  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  32.82 
 
 		 367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0323  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 368 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 368 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 364 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  32.3 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  35.83 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2821  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  32.48 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 339 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 340 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 355 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 355 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  31.17 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 365 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  32.26 
 
 		 324 aa  159  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 365 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.79 
 
 		 334 aa  159  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 341 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 341 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 421 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  35.37 
 
 		 371 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3304  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5086  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5199  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 341 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3282  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  34.64 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5747  transcriptional regulator AraC family  33.22 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807364  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  29.94 
 
 		 318 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.73 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3665  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 401 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747363  normal  0.253179 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 321 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2064  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 335 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2234  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.498713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  31.8 
 
 		 371 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5042  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.363358  normal  0.505144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 361 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>