More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0572 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  616  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  42.08 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1137  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000101216  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  27.87 
 
 		 274 aa  101  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.38 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  26.38 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 303 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 285 aa  89  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 533 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 157 aa  84.3  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  24.71 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  24.71 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 502 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 513 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  44.33 
 
 		 519 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 686 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  23.98 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  34.23 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.18 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 686 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 1201 aa  80.5  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  34.41 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 515 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  38.83 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7121  transcriptional activator FtrA  31.37 
 
 		 328 aa  79  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0749123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 273 aa  79  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 198 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  26.23 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  19.55 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  38.95 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.84 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 168 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 535 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 342 aa  77  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  37.89 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  20.58 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  24.03 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.84 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 530 aa  75.9  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  21.77 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 287 aa  75.5  0.0000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 277 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  22.57 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 328 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 289 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 145 aa  75.5  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  19.76 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.84 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23290  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  26.16 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  20.31 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 154 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.84 
 
 		 198 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  20.4 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 194 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.84 
 
 		 198 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>