More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1988 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 194 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  100 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  98.38 
 
 		 296 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2412  transcriptional regulator, AraC family  81.67 
 
 		 303 aa  313  9e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1500  AraC family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 303 aa  313  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.831009  normal  0.0187399 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1899  transcriptional regulator, AraC family  81.67 
 
 		 303 aa  313  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1946  transcriptional regulator, AraC family  81.67 
 
 		 303 aa  313  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.192766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1912  AraC family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 303 aa  313  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  81.11 
 
 		 303 aa  310  6.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  80.56 
 
 		 303 aa  308  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  80.56 
 
 		 303 aa  308  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  73.33 
 
 		 303 aa  279  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  37.96 
 
 		 274 aa  87.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  81.3  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 292 aa  77.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 286 aa  73.6  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 300 aa  73.2  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 		 198 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.59 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  36.73 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1428  transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 285 aa  68.6  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 314 aa  68.6  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 513 aa  68.2  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 276 aa  68.2  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 535 aa  68.2  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.81 
 
 		 198 aa  68.2  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 327 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 335 aa  67  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 198 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  28.44 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  30.36 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 341 aa  66.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  25.81 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.17 
 
 		 329 aa  65.5  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 331 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 1201 aa  65.5  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.03 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 530 aa  64.7  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 162 aa  64.7  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 278 aa  64.7  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 537 aa  64.7  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.81 
 
 		 198 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  26.05 
 
 		 319 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 334 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.03 
 
 		 198 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  32.5 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 361 aa  63.2  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 544 aa  63.2  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  27.1 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  26.45 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 325 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 358 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 414 aa  62.4  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 295 aa  62  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 282 aa  62  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 288 aa  61.6  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  25.93 
 
 		 280 aa  62  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 286 aa  61.6  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  61.6  0.000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 341 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 515 aa  61.2  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 315 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 330 aa  61.2  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>