More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0188 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 286 aa  600  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 129 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1619  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.08 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 327 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 332 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.17 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  26.8 
 
 		 329 aa  65.9  0.0000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  19.77 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  24.34 
 
 		 274 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  21.57 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  32.56 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1288  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0436335  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  22.01 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  22.22 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.83 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.83 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  22.03 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3991  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630734  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.17 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2481  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0594391  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 194 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0082  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 168 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  29.27 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 349 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.17 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  29.27 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0074  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 168 aa  62  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  37.35 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 188 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  23.61 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 678 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 320 aa  61.6  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.27 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  32.41 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  24.68 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 187 aa  60.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 267 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.44 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  32.94 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>