More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6783 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 293 aa  607  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  43.98 
 
 		 286 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  38.19 
 
 		 290 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 269 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 261 aa  99  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 275 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 282 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 271 aa  93.6  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  26.44 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 270 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 265 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 269 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 269 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 267 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.64 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  23.31 
 
 		 272 aa  83.2  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.68 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 265 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  22.31 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 270 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  26.74 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.22 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 285 aa  70.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  28.42 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  23.08 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 306 aa  65.9  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 346 aa  65.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 282 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  29.21 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  31 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 306 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  34.83 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  27.23 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  31.46 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  22.45 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 375 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 284 aa  62.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  36.59 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  25.19 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 150 aa  62.4  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  62  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>