More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5462 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 261 aa  541  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  84.67 
 
 		 269 aa  470  1e-132  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  53.46 
 
 		 261 aa  300  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  54.23 
 
 		 266 aa  296  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  50.58 
 
 		 271 aa  253  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  43.7 
 
 		 271 aa  214  8e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  42.58 
 
 		 268 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  40.71 
 
 		 265 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  41.96 
 
 		 270 aa  200  1.9999999999999998e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  38.02 
 
 		 269 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  36.58 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  36.61 
 
 		 267 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 268 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 269 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 271 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  37.71 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  37.55 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.71 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  36.55 
 
 		 272 aa  158  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  36.13 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 267 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 293 aa  99  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  22.62 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 129 aa  89  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 286 aa  82  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0123  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator (AraC family)  24.51 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.855779  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  23.79 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  23.53 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  23.9 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 285 aa  62.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 164 aa  61.2  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  37.04 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2509  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00177278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2766  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 519 aa  58.2  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 294 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 156 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  34.57 
 
 		 297 aa  57  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 318 aa  57  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 303 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  45.83 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  30.43 
 
 		 289 aa  56.2  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 282 aa  55.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  36.59 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 329 aa  55.8  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 375 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  24.03 
 
 		 289 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 133 aa  55.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 164 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  25.29 
 
 		 319 aa  54.7  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 306 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 354 aa  54.7  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 307 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4847  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5440  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5422  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0424919  normal  0.013013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 282 aa  55.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 279 aa  53.9  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>