More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2978 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  618  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 322 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6669  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 338 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0360176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5825  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.667262  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6190  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 338 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636005  normal  0.381887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0115  AraC family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7736  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  158  8e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 325 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 312 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1091  putative AraC-type regulatory protein  31.69 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4375  AraC-like transcriptional regulator  31.58 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 323 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0833  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  32.54 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0877  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000157744  decreased coverage  0.000000000198967 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  31.27 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2256  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0780  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3052  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1083  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 314 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5491  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  30.88 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 375 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2712  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.974943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2474  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.446232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2948  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0708341 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  29.3 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  32.31 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  27.65 
 
 		 336 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 315 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 311 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0164  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  29.39 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  29.37 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1284  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.960401  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>